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　　作者从5名捐赠者的正常结肠组织分离41650个免疫细胞进行后续分析，降维聚类后根据各类细胞marker（Figure 2b）将所有细胞鉴定为25种细胞类群：滤泡和记忆B细胞、IgA+和IgG+浆细胞、效应和记忆CD4+ T细胞、Treg细胞、CD8+ T细胞、γδT细胞、ILC、NKT、肥大细胞和髓系细胞（Figure 2a）。为了确定结肠近端至远端区域免疫细胞的差异，对四类组织样本中CD4+ T细胞亚型比例（Figure 2c），B细胞亚型和非CD4+ T细胞免疫细胞比例（Figure 2d）进行比较，发现T细胞和B细胞的活化和记忆状态在结肠和MLNs之间存在显著差异。

　　接下来，作者研究了TH1与TH17细胞之间的克隆关系。通过对TCR序列进行分析，发现TH1和TH17亚型之间共享克隆群，说明CD4+ T细胞发挥效应作用是在初始激活之后再决定的（Figure 3c，d）。此外，观察到乙状结肠中的TH1细胞和盲肠中的TH17细胞克隆扩增最多（Figure 3d），这与该组织中的细胞亚型丰富度一致。同时发现，TH1和TH17部分克隆之间克隆位点共享（Figure 3d），这表明辅助性T细胞克隆传播到结肠的远端区域。这些结果表明，在近端结肠和乙状结肠的TH1和TH17细胞中，与激活和组织迁移相关的区域特异性转录具有差异性。

　　鉴于Treg细胞在平衡其他CD4+ T细胞亚群的免疫活动中发挥重要作用，作者对Treg细胞进行了进一步研究。在不同结肠区域中，Treg细胞的相对比例在结肠近端到远端中没有明显变化（Figure 2c），因此作者对不同区域Treg细胞的转录是否具有不同的激活状态或功能进行了探讨。结果发现MLNs中的Treg细胞亚群主要为中央Treg细胞和效应Treg细胞，而结肠中Treg细胞主要聚集成三个群：KLRB1+ Treg、非淋巴组织Treg细胞、淋巴组织样Treg细胞（Figure 4a），这些亚群的比例在结肠区域之间基本一致（Figure 4b）。

　　作者推测，淋巴组织样Treg细胞可能从MLNs进入结肠组织的。作者利用拟时序分析探究Treg细胞的迁移轨迹，结果发现Treg细胞沿MLNs中静息态的中央Treg细胞到结肠中具有高度调节性Treg细胞的轨迹排列（Figure 4c）。同时对该迁移轨迹中的Treg细胞基因表达变化进行分析，发现拟时序开始时表达的基因包括SELL、CCR7和CXCR4，在拟时序末端，高表达基因为FOXP3、IL2RA、CTLA4、IL10和LAG3（Figure 4c）。

　　接下来作者对不同结肠区域的B细胞进行更深入地分析。对不同结肠区域浆细胞的转录谱进行比较，发现乙状结肠浆细胞更高表达CD27（Figure 5a），并且通过实验验证了CD27的表达差异（Figure 5b）。接下来作者对BCR序列进行分析，发现MLNs中记忆细胞表达IgA1和IgM，结肠浆细胞主要表达IgA2（Figure 5c）。此外，重链可变区的突变频率在浆细胞中最高，其次是记忆B细胞，这表明与原始卵泡B细胞相比，这些细胞类型的体细胞突变更多（Figure 5d）。此外，乙状结肠IgA+浆细胞的突变频率显著增加（Figure 5e）。

　　作者还对克隆相关B细胞进行鉴定以探索整个肠道不同细胞群的克隆扩增动力学，结果发现在记忆B细胞、IgA+和IgG+浆细胞中克隆扩增明显（Figure 5f）。类似于T细胞，作者发现许多B细胞克隆在所有三个结肠区域之间共享（Figure 5g），这表明B细胞在结肠中传播。对整个组织中提取的批量BCR进行了测序（BCR-seq），与盲肠和横结肠相比，乙状结肠B细胞克隆变异性的增加反映在BCR可变链表达的更大范围内，这表明远端结肠比近端结肠的体液免疫反应更为活跃。

　　由于IgA由浆细胞分泌并对特定细菌种类发生反应[1]，作者进一步探究乙状结肠中的浆细胞活化增加与细菌种类的差异。对供体微生物组样本中细菌的IgA作用进行研究（Figure 6a）。发现与盲肠和横结肠的细菌相比，来自乙状结肠的细菌更大比例与IgA结合呈阳性（Figure 6b）。此外， IgA调理菌的散弹枪测序显示，在乙状结肠中有丰富的物种群落（Figure 6c），但是乙状结肠中IgA结合细菌的多样性低于盲肠（Figure 6d）。这些结果表明，与盲肠相比，乙状结肠的IgA+浆细胞对丰富且不均匀的细菌群落有反应，这可能是它们的激活状态增加、强归巢到结肠并趋向于更多克隆多样性的原因。